CUT&Tag技術(shù)的核心是在Tn5上融合了protein A/G抗體結(jié)合功能域的轉(zhuǎn)座體pAG-Tn5。在進(jìn)行CUT&Tag實(shí)驗(yàn)時(shí)，首先進(jìn)行靶蛋白特異性抗體（一抗）孵育，使抗體進(jìn)入細(xì)胞與靶蛋白結(jié)合。為了放大信號，同理接著進(jìn)行二抗孵育。最后孵育pAG-Tn5轉(zhuǎn)座體，使得轉(zhuǎn)座體進(jìn)入細(xì)胞并與抗體結(jié)合，這樣就把轉(zhuǎn)座體間接的固定在靶蛋白上，隨后激活Tn5酶的切割活性，切斷靶蛋白結(jié)合的DNA區(qū)域。由于Tn5連有測序接頭，在打斷的同時(shí)直接在片段化的DNA上加接頭，接著提取DNA，進(jìn)行PCR擴(kuò)增構(gòu)建文庫。
盡管CUT&Tag與ChIP方法在某些方面類似，但CUT&Tag實(shí)驗(yàn)的起始材料是活的可滲透細(xì)胞或分離的細(xì)胞核，而不是ChIP-seq中使用的甲醛交聯(lián)的細(xì)胞或組織。CUT&Tag有望將蛋白與染色質(zhì)DNA互作的研究變成了一種類似PCR反應(yīng)的常規(guī)操作，對基因調(diào)控、表觀遺傳等領(lǐng)域的研究具有重要的意義。

更好的信噪比和更低的背景；
樣本起始量低，測序通量高，單堿基分辨率；
檢測整個(gè)基因組中的蛋白質(zhì)/DNA結(jié)合和組蛋白修飾位點(diǎn)；
精確定位蛋白質(zhì)與DNA的結(jié)合位點(diǎn)；
靈敏度高，可以檢測細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有片段；